Varios centros de votación tuvieron retrasos en la apertura por temas logísticos, entre ellos, uno de los principales puntos para la emisión del sufragio, ubicado en la avenida Olímpica en San Salvador, donde se abrió más de 30 minutos tarde.
Mientras que, en el centro de votación del Instituto Nacional Doctor Francisco Martínez Suarez de Chalatenango, a las 7:15 de la mañana aún estaban votando los elementos de seguridad y los miembros de las Juntas Receptoras de Votos y se reportó un faltante de 75 papeletas en una JRV.
El centro de votación del complejo educativo San Francisco Gotera en Morazán abrió hasta las 7:13 de la mañana, entre otros centros más que también tuvieron dificultades para iniciar puntual y permitir el ingreso de los votantes.
El consorcio Observa 2024 reportó que el 13.6% de los centros observados abrieron después de las 8 de la mañana y el 85.2% entre las 7 y 8 de la mañana por diferentes retrasos.