En San Salvador el conteo de votos tuvo sus dudas y confusiones en miembros de juntas receptoras de votos.
El centro de votaciones más grande de San Salvador, ubicado en el bulevar del Hipódromo cerró a las 5:05 pm y de inmediato arrancó el proceso de escrutinio, el cual tuvo algunos inconvenientes, como el de la junta receptora de votos 506, que inició con la extracción de papeletas de concejos municipales, hasta que fueron advertidos por un miembro del Tribunal Supremos Electoral.
Así transcurrieron las horas, entre confusiones y decenas de papeletas por contar, en un centro de votación que no superó el 40% de participación del padrón electoral, pero que dejó un trabajo maratónico para los encargados de cada junta receptora de votos, que en constantes ocasiones tenían dudas sobre el conteo.