El sistema nacional de Protección Civil tiene cuatro tipos de alertas, para la toma de acción durante emergencias en el país, de acuerdo al riesgo que representan para la población.
La primera de ellas es alerta verde, se declara cuando se ha identificado la presencia de un fenómeno natural, que por su peligrosidad puede afectar una parte o todo el territorio.
En la actual emergencia por lluvias, Protección Civil decreto alerta verde el pasado jueves 14 de junio, ya que los pronósticos de los meteorólogos anunciaban lluvias tipo temporal a partir del domingo 16.
Horas más tarde del mismo jueves, la alerta se elevó a amarilla, esta se utiliza al evaluar el fenómeno identificado y que presente una tendencia de crecimiento de forma, además Protección Civil pedía a las comisiones municipales evaluar zonas de riesgo y monitorear comportamiento de la emergencia.
24 horas más tarde, es decir el viernes 14 de junio, Protección Civil elevó la alerta a naranja, que se declara cuando los niveles de riesgo son importantes, se han concretado las condiciones necesarias para que el fenómeno que se monitorea se presente en cuestión de horas o minutos.
La dirección hizo un llamado a la acción preventiva, con evacuaciones en zonas de riesgo, y preparación de equipos de emergencia para atender cualquier eventualidad. Las clases fueron suspendidas al menos hasta el día miércoles 19 de junio.
Al llegar al domingo 16, las incesantes lluvias dieron paso a que se decretara alerta roja en todo el territorio, que se declara cuando se produce un fenómeno de forma súbita y que de manera intempestiva causa impacto en una parte o todo el territorio de un país.
Según los pronósticos había probabilidad entre 80 a 100% de deslizamiento en diferentes puntos del país por las lluvias.
Tres días después, en la noche del miércoles, la alerta se bajó a estratificada, con alerta naranja para 18 municipios y alerta roja para los 26 restantes.
Un día más tarde, la alerta estratificada fue modificada por distrito, 38 en alerta naranja y 224 en alerta roja.
El sábado 22 de junio la alerta pasó nuevamente a color naranja a nivel nacional, el domingo 23 se degradó amarilla, hasta llegar el lunes 24 a la alerta verde.