El juzgado especializado de instrucción a, declaró como rebelde al ex presidente de la República, Mauricio Funes y giro una orden de captura, por los delitos de incumplimiento de deberes y agrupaciones ilícitas, esto luego que se le decretara detención provisional porque existe peligro de fuga y evasión del imputado para responder por los delitos que se le acusan tras una audiencia que se instaló en su contra por el caso de tregua con pandillas, que según las reformas al código penal puede desarrollarse sin la presencia del imputado.
Según con el ministerio público, el acuerdo con las estructuras criminales inicio en 2011, mientras Funes aún estaba al frente del ejecutivo que consistió en la reducción de los homicidios a cambio de flexibilizar las medidas al interior de los centros penales y en planes de seguridad, medidas que fueron acompañadas por una reestructuración en su gabinete.
Desde el 2016, Funes reside en Nicaragua, país donde obtuvo la ciudadanía.