Un 1% más de la población se autoidentifica como indígena en el país, es decir 68,148 personas, para 2007, el censo revelo que solo era el 0.2%, siendo Morazán en donde se concentra la mayor cantidad de esta población con un 4.4%, seguido por Sonsonate, un dato que llama la atención, es que son los hombres los que abarcan un poco más del 50%, cuando hace 17 años, las mujeres tenían un 51.9%.
De quienes se autoidentifican como indígena, el 43.2% afirmaron pertenecer al pueblo nahua pipil, que viven principalmente en Sonsonate y demás lugares de la zona occidental y central del país, que a diferencia de los autoidentificados como lencas el 75.3% está en San Miguel, mientras que los Kakawira 3 de cada cuatro están en el departamento de Morazán; en Chalatenango, Santa Ana y Cuscatlán se tiene un alto porcentaje de personas que se autodenominan mayas chortí.
Si nos referimos a la población afrodescendiente, también incremento para este 2024. Ahora son 25,690 personas que se autoidentifican con el sector, en San Salvador viven 7,543 personas y 854 en Morazán, en datos generales, hay mas mujeres afrodescentientes que hombres, con un 51.3%, en su mayoría son de 15 a 34 años.
