Durante la audiencia preliminar del caso Jesuitas, la Fiscalía solicitó al tribunal segundo de instrucción de San Salvador, que gire órdenes de captura contra el expresidente Alfredo Cristiani, los generales en situación de retiro Juan Rafael Bustillo, Juan Orlando Zepeda, y el coronel en situación de retiro Joaquín Arnoldo Cerna, además del exdiputado Rodolfo Parker, por no comparecer ante el tribunal.
En una jornada anterior el juez ya se había negado archivar los asesinatos ocurrido al interior de la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas de 1989 por tratarse de crímenes de lesa humanidad.
En este proceso también están siendo acusados los coroneles Oscar León Linares, Nelson López, Manuel Antonio Rivas y Camilo Hernández, así como el exministro de la Defensa, Rafael Larios.
Mientras que el coronel Inocente Montano, quien cumple una condena de 130 años en España por el asesinato de los cinco sacerdotes está presente a través de un enlace virtual, todos los supuestos implicados están siendo acusados de proposición y conspiración para actos de terrorismo, además de asesinato y encubrimiento personal.